Walaupun terdapat sedikit kajian tentang bahasa ini berbanding dengan keluarga Austronesia, terdapat tiga percubaan awal pada klasifikasi genealogi berskala besar, oleh Joseph Greenberg, Stephen Wurm, dan Malcolm Ross. Keluarga terbesar yang ditempatkan untuk wilayah Papua ialah filum Trans-New Guinea yang terdiri daripada majoriti bahasa Papua dan bertaburan terutamanya di sepanjang tanah tinggi New Guinea. Pelbagai keluarga peringkat tinggi mungkin mewakili penghijrahan yang berbeza ke New Guinea, mungkin dari barat.[2] Oleh kerana mungkin hanya seperempat bahasa Papua telah dikaji secara terperinci, pemahaman ahli bahasa tentang hubungan antara mereka akan terus disemak.

Analisis statistik yang direka untuk mengambil isyarat terlalu samar untuk dikesan dengan kaedah perbandingan, walaupun kesahihannya dipertikaikan, mencadangkan lima saham Papua utama (kira-kira bahasa Trans-New Guinea, Barat, Utara, Timur dan Papua Selatan); [3] perbandingan jarak jauh juga telah mencadangkan hubungan antara bahasa terpilih, tetapi sekali lagi metodologinya tidak ortodoks dalam linguistik sejarah.[4]

Bahasa-bahasa Andaman Raya mungkin berkaitan dengan beberapa bahasa Papua barat, tetapi sendiri tidak dirangkum dalam istilah Papua.[2]

Pengelasan Greenberg

Joseph Greenberg mencadangkan filum Indo-Pasifik yang mengandungi bahasa Andaman (Utara), semua bahasa Papua, dan bahasa Tasmania, tetapi bukan bahasa Orang Asli Australia. Sangat sedikit ahli bahasa menerima kumpulannya. Ia berbeza daripada filum Trans-New Guinea bagi klasifikasi di bawah.

Usher (2020)

Keluarga bahasa New Guinea, Maluku Utara, dan Kepulauan Sunda Kecil menurut Timothy Usher. Bahasa-bahasa Bougainville, Kepulauan Solomon, Kepulauan Selat Torres dan Australia Utara tidak termasuk dalam kajian, dan ia digambarkan di sini mengikut konsensus semasa.

Timothy Usher dan Edgar Suter, dengan nasihat penyelidik Papua seperti William Croft, Matthew Dryer, John Lynch, Andrew Pawley, dan Malcolm Ross,[5] telah membina semula konstituen peringkat rendah keluarga bahasa Papua untuk mengesahkan ahli yang dikatakan benar-benar tergolong kepada mereka. Dalam banyak kes, Usher dan Suter telah mencipta nama baharu bagi keluarga-keluarga ahli untuk menggambarkan lokasi geografi mereka. Kebanyakan klasifikasi mereka diterima oleh Glottolog (walaupun namanya pula tidak; Glottolog sebaliknya mencipta namanya sendiri).[6]

Selain itu, Karami yang kurang diberi perhatian tidak dikelaskan. Bahasa keluarga Tambora dan Papua Timur yang telah pupus belum ditangani, kecuali untuk mengenal pasti Yele sebagai bahasa Austronesia.

Wurm (1975)

Klasifikasi bahasa Papua yang paling banyak digunakan ialah Stephen Wurm. Ini ialah skema yang digunakan oleh Ethnologue sebelum klasifikasi Ross (di bawah). Ia berdasarkan kerja yang sangat awal, kebanyakannya berkenaan tipologi, dan Wurm sendiri telah menyatakan bahawa beliau tidak menjangka ia dapat bertahan dengan baik untuk penelitian. Ahli bahasa lain, termasuk William A. Foley, telah mencadangkan bahawa banyak filum Wurm adalah berdasarkan ciri-ciri kawasan dan persamaan struktur, dan hanya menerima tahap paling rendah klasifikasinya yang kebanyakannya diwarisi daripada taksonomi terdahulu. Foley (1986) membahagikan bahasa-bahasa Papua kepada lebih 60 keluarga bahasa kecil, ditambah dengan beberapa bahasa pencilan. Walau bagaimanapun, baru-baru ini Foley telah menerima gambaran besar jika bukan butiran klasifikasi Wurm, kerana beliau dan Ross telah membuktikan sebahagian besar filum Trans-New Guinea Wurm.

Menurut Ross (lihat di bawah), masalah utama dengan klasifikasi Wurm ialah beliau tidak mengambil kira perubahan yang disebabkan oleh pertembungan bahasa. Sebagai contoh, beberapa cabang utama filum Trans-New Guinea beliau tidak mempunyai perbendaharaan kata yang sama dengan bahasa Trans-New Guinea yang lain, dan diklasifikasikan sebagai Trans-New Guinea kerana serupa daripada segi tatabahasa. Walau bagaimanapun, terdapat juga banyak bahasa Austronesia yang secara tatabahasa serupa dengan bahasa Trans-New Guinea kerana pengaruh pertembungan dan dwibahasa. Begitu juga, beberapa kumpulan yang mempunyai perbendaharaan kata asas yang banyak yang sama dengan bahasa Trans-New Guinea dikecualikan daripada filum kerana mereka tidak menyerupainya dari segi tatabahasa.

Wurm percaya bahasa Papua tiba dalam beberapa gelombang penghijrahan dengan beberapa bahasa terdahulu (mungkin termasuk bahasa Sepik–Ramu) berkaitan dengan bahasa Australia,[7][8] penghijrahan kemudian membawa bahasa-bahasa Papua Barat, Torricelli dan Papua Timur,[7] dan gelombang ketiga yang membawa penghijrahan pra-Austronesia terkini, keluarga Trans-New Guinea.[7]

Foley (2003)

Foley pula meringkaskan keadaan kesusasteraan.[9] Selain Trans–New Guinea dan keluarga yang mungkin berada di TNG, beliau menerima cadangan bagi:

Ross (2005)

Malcolm Ross menilai semula cadangan Wurm atas dasar leksikal semata-mata. Dalam hal ini, beliau melihat perbendaharaan kata yang dikongsi, dan terutamanya berkongsi idiosinkrasi, seperti I and me dalam bahasa Inggeris. Keadaan dokumentasi bahasa Papua yang lemah menyekat pendekatan ini sebahagian besarnya kepada kata ganti nama. Walau bagaimanapun, Ross percaya bahawa beliau telah dapat mengesahkan banyak klasifikasi Wurm, walaupun dengan semakan untuk membetulkan pendekatan sebahagian tipologi Wurm.Ethnologue (2009) sebahagian besarnya mengikuti Ross.

Telah dicadangkan bahawa keluarga yang muncul semasa membandingkan kata ganti nama mungkin disebabkan oleh peminjaman kata dan bukannya pertalian silsilah. Walau bagaimanapun, Ross berpendapat bahawa bahasa Papua mempunyai sistem kata ganti kelas tertutup yang kalis peminjaman, dan dalam apa jua keadaan bahawa bilangan besar bahasa dengan kata ganti nama yang serupa dalam keluarga seperti Trans-New Guinea menghalang peminjaman sebagai penjelasan. Selain itu, beliau menunjukkan bahawa dua kes yang dikatakan peminjaman kata ganti nama di New Guinea adalah kebetulan yang mudah, boleh dijelaskan sebagai perkembangan biasa daripada protobahasa bagi keluarga yang dipersoalkan: apabila bentuk bahasa terdahulu dibina semula, kata ganti nama mereka menjadi kurang serupa, tidak lebih. (Ross berhujah bahawa sistem kata ganti kelas terbuka, di mana peminjaman adalah perkara biasa, terdapat dalam budaya hierarki seperti Asia Tenggara dan Jepun, di mana kata ganti nama menunjukkan perincian hubungan dan status sosial dan bukannya sekadar proganti tatabahasa seperti yang ada dalam masyarakat New Guinea yang lebih egalitarian.)

Ross telah mencadangkan 23 keluarga bahasa Papua dan 9–13 bahasa pencilan. Bagaimanapun, oleh kerana kriterianya yang lebih ketat, beliau tidak dapat mencari data yang mencukupi untuk mengklasifikasikan semua bahasa Papua, terutamanya berkenaan banyak bahasa pencilan yang tidak mempunyai saudara terdekat untuk membantu dalam klasifikasi mereka.

Ross juga mendapati bahawa bahasa Mamberamo Bawah (atau sekurang-kurangnya bahasa Warembori-beliau tidak mempunyai data yang mencukupi tentang Pauwi) ialah bahasa Austronesia yang telah banyak diubah melalui hubungan dengan bahasa Papua, sama seperti bahasa Takia. Bahasa Kepulauan Reef – Santa Cruz dari filum Papua Timur Wurm merupakan keluarga ke-24 yang berpotensi, tetapi kerja-kerja seterusnya telah menunjukkan bahawa mereka juga merupakan bahasa Austronesia yang sangat berbeza.

Ambil perhatian bahawa walaupun klasifikasi ini mungkin lebih dipercayai daripada percubaan lalu, ia berdasarkan satu parameter, kata ganti nama, dan oleh itu, mesti kekal tentatif. Walaupun kata ganti nama adalah unsur konservatif dalam sesuatu bahasa, ia adalah pendek dan menggunakan set terkurang inventori fonemik bahasa itu. Kedua-dua fenomena sangat meningkatkan kemungkinan persamaan peluang, terutamanya apabila ia tidak disahkan oleh persamaan leksikal.

Wichmann (2013)

Søren Wichmann (2013) menerima 109 kumpulan sebagai keluarga Papua yang koheren, berdasarkan analisis pengiraan yang dilakukan oleh Automated Similarity Judgment Programme (ASJP) digabungkan dengan klasifikasi Harald Hammarström (2012).[10] Sesetengah kumpulan boleh bertukar menjadi berkaitan antara satu sama lain, tetapi Wichmann (2013) menyenaraikan mereka sebagai kumpulan berasingan yang menunggu penyelidikan lanjut.

9 keluarga telah dipecahkan kepada kumpulan berasingan dalam klasifikasi Wichmann (2013), iaitu:

• Biksi (2 kumpulan)
• Dibiyaso-Doso-Turumsa (2 kumpulan)
• Kwalean (2 kumpulan)
• Sepik-Ramu Bawah (5 kumpulan)
• Morehead-Wasur (2 kumpulan)
• Trans-New Guinea Nuklear (16 kumpulan)
• Pauwasi (2 kumpulan: Barat dan Timur)
• Sentani (2 kumpulan)
• Sko (2 kumpulan)

Palmer (2018)

Bill Palmer et al. (2018) mencadangkan 43 keluarga bebas dan 37 bahasa pencilan di Papuasfera, dan terdiri daripada 862 bahasa.[11] Sebanyak 80 kumpulan bebas diiktiraf. Walaupun klasifikasi dalaman Pawley & Hammarström bagi Trans-New Guinea sebahagian besarnya menyerupai gabungan klasifikasi Usher dan Ross, Palmer et al. tidak menangani keluarga yang lebih tentatif yang Usher cadangkan, seperti New Guinea Barat Laut.

Keselarasan keluarga Bird's Head Selatan, Bird's Head Timur, Pauwasi, Kwomtari dan Solomon Tengah adalah tidak pasti, dan oleh itu ditandakan di bawah sebagai "tentatif."[12][13][14][15]

Glottolog 4.0 (2019)

Glottolog 4.0 (2019), sebahagiannya berdasarkan Usher, mengiktiraf 70 keluarga bebas dan 55 bahasa pencilan.[16]